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药物发现与生物大分子模拟仿真计算平台
BIOVIA Discovery Studio
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Discovery Studio? (简称DS), 基于Windows/Linux系统和个人电脑、面向生命科学领域的新一代分子建:湍D饣肪。它服务于生命科学领域的实验生物学家、药物化学家、结构生物学家、计算生物学家和计算化学家,应用于蛋白质结构功能研究,以及药物发现。为科学家提供易用的蛋白质模拟、优化和药物设计工具。通过高质量的图形、多年验证的技术以及集成的环境,DS将实验数据的保存、管理与专业水准的建模、模拟工具集成在一起,为研究队伍的合作

与信息共享提供平台。
主要特点
功能特点

分子模拟
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◇ 分子力学:基于广泛认可的BIOVIA CHARMm?分子力。砀髦中》肿、大分子(包括蛋白质、核酸和糖)的经验化能量计算,包括:相互作用能及构象能量、局域最小化、旋转势垒、与时间相关的动力学行为、振动频率等。模拟过程提供了有关分子结构、相互作用、能量等信息。
◇ 量子力学:基于DFT的DMol3、半经量子力学-VAMP、量子力学与分子力学QM/MM杂化方法(DMol3/CHARMm)
大分子设计与分析
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◇ 基于广泛认可的MODELER同源性建模算法
◇ 基于pH值的最佳蛋白质电离工具
◇ 基于pH的蛋白质稳定性、结合亲、突变的分析研究
◇ 可靠的蛋白质-蛋白质结合预测ZDOCK算法
抗体开发
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◇ 首个且最完整的结构预测和仿真工具集,专门用于抗体研究
◇ 经过验证的自动化结构预测工作流程,以提供最佳的抗体同源性模型
◇ 独特专利的AggMap蛋白聚合及可Developbility Index
◇ 快速识别生物治疗学中与翻译后修饰(PTM)位点相关的序列基序



于结构的设计(SBD)
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◇ 基于物理的(CHARMM、CDOCKER)对接引擎
◇ 独特的非结合分析监测方法,包括有利、不利和不满意的交互类型
◇ 基于MMP 方法SAR分析


基于片段的设计(FBD)
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◇ 使用来自BlOVIA的ca.10k预过滤试剂,使用经典的药物化学反应来原位计数
◇ 使用来自BIOVIA SCD的约1.5M市售化合物原位进行支架跳跃
◇ 新型Karplus MCSS基于片断的小分子设计工具



基于药效团和配体的设计
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◇采用经典的CATALYST药效团算法引
◇包括独特的受体-配体药效团创建
◇最全面、最准确的基于受体-配体晶体结构复合的产生的药效团数据库,PharmaDB
◇使用CNX,生成电子密度图,进行全面优化并使用HT-XPIPE进行蛋白质-配体复合物的自动结构测定
下载资料介绍 򠈕
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